Con gran certeza, podemos rastrear el origen de Baños como un asentamiento humano a la época precolonial, e incluso preincásica. Esto se debe a la abundancia de recursos naturales, como las aguas termales y las vetas auríferas, así como su ubicación estratégica entre la llanura que acoge la ciudad de Cuenca y los extensos pajonales de la cuenca alta del río Yanuncay. Es muy probable que esta área fuera conocida y habitada por los cañaris, los habitantes originales de esta región de los Andes ecuatorianos.
Después de la expansión del Tahuantinsuyo liderada por Tupac Yupanqui, los cañaris resistieron con valentía, pero finalmente, la región fue pacificada. Los incas embellecieron la ciudad de Cuenca, que en ese momento se conocía como Tomebamba, y la utilizaron como base para sus operaciones de expansión del imperio. Incluso, en esta ciudad nació el hijo de Tupac Yupanqui, llamado Huayna Cápac. Este monarca inca, al igual que su padre, se esforzó por enriquecer su ciudad natal, Tomebamba, y es muy probable que los recursos naturales de Baños no pasaran desapercibidos para la sabiduría inca.
En la época colonial, después de la conquista española, los primeros asentamientos se ubicaron en la zona conocida como Minas, debido a la presencia de vetas auríferas. Existe abundante documentación que respalda la existencia de múltiples explotaciones mineras en ese período.
Esta explotación inicial fue seguida por la distribución de tierras entre los españoles en áreas que no eran propiedad de los indígenas. El mestizaje y la compraventa de tierras dieron lugar al crecimiento de la población y a la ubicación actual del centro de la parroquia.
En la era republicana, Baños se estableció como una parroquia rural de Cuenca en 1824, según la Ley de División Territorial de la Gran Colombia, promulgada por Francisco de Paula Santander. Luego, se oficializó y confirmó como parroquia rural del Cantón Cuenca el 1 de septiembre de 1852, según consta en el Registro Oficial de la época, que se encuentra en los archivos de la Biblioteca Aurelio Espinoza Pólit.